En Centroamérica, el sentimiento de independencia comenzó a crecer entre los criollos, que influidos por las ideas liberales de la Ilustración, veían en el proceso de independencia de los Estados Unidos y en la Revolución Francesa, un ejemplo a seguir.

En la primera década del siglo XIX, las autoridades coloniales españolas, realizaron una serie de medidas fiscales y económicas impopulares, como el aumento de tributos y la consolidación de deudas estatales, para financiar las guerras europeas de la Corona española. Estas medidas acrecentaron el sentimiento de independencia entre los criollos. 

Los historiadores consideran que el fenómeno que sirvió como detonante al proceso de independencia de Centroamérica, fue la Invasión Napoleónica a España en 1808 que significó el colapso temporal de la autoridad real.

En el período de 1808 a 1814, se produjeron varios importantes alzamientos en el territorio de la Intendencia de San Salvador:

* El Alzamiento del 5 de noviembre de 1811. Fue vencido en diciembre de 1811. Conocido como el Primer Grito de Independencia, fue encabezado por José Matías Delgado, Manuel José Arce y los hermanos Aguilar en San Salvador. Se extendió en los días siguientes del mes de noviembre a las ciudadades de Santiago Nonualco, Usulután, Chalatenango, Santa Ana, Tejutla y Cojutepeque. Hubo 2 alzamientos relacionados con éste, que adquirieron relevancia, el del 20 de diciembre de 1811, ocurrido en Sensuntepeque, y el del 24 de noviembre de 1811, ocurrido en la ciudad de Metapán.

* El Alzamiento de 24 de enero de 1814, ocurrido en San Salvador, no tuvo éxito y la mayoría de los líderes independentistas fueron arrestados; siendo uno de ellos, Santiago José Celís, asesinado. En este movimiento hubo una amplia participación popular.

En 1820, la Revolución de Riego, en España, restableció la vigencia de la Constitución de Cádiz. El Capitán General de Guatemala, Carlos Urrutia, juró la Constitución en julio de ese año y poco después se convocó a elecciones para elegir ayuntamientos y diputaciones provinciales, además de permitirse la libertad de prensa en el territorio del Reino de Guatemala. En junio de 1821, el Capitán General Urrutia fue sustituido por Gabino Gaínza. En agosto llegaron a Centroamérica las noticias de la Independencia de México, bajo los términos establecidos en el Plan de Iguala de Agustín de Iturbide. Ante esta nueva realidad, Gaínza convocó a la reunión de notables del 15 de septiembre.

El 15 de septiembre de 1821, en una reunión en la Ciudad de Guatemala, los representantes de las provincias centroamericanas declararon su independencia de España y conformaron una Junta Gubernativa provisional, presidida por el antiguo Capitán General español, Gabino Gaínza. La noticia de la independencia llegó a San Salvador el 21 de septiembre.

Al concretarse la independencia centroamericana, solamente le quedaban tres opciones a la naciente unión de provincias: primero, conservar la unidad de las provincias; segundo, independizarse en naciones bien definidas; o tercero, anexarse al Imperio Mexicano de Agustín de Iturbide.

La noticia de la independencia desconcertó a la mayoría de los grupos conservadores en las distintas provincias y ayuntamientos de Centroamérica. La preocupación de los sectores conservadores se tranquilizó cuando las autoridades de Guatemala recibieron una carta de Iturbide, quien se había proclamado Emperador de México, invitando a Centroamérica a unirse al imperio.

La Junta decidió consultar a los ayuntamientos y respondieron dos tercios de ellos, de los cuales 168 aprobaron la anexión, y dos, San Salvador y San Vicente, rehusaron unirse a México. La Junta de Guatemala declaró la anexión a México el 5 de enero de 1822. Iturbide envió tropas mexicanas al mando del general Vicente Filísola para someter a las provincias rebeldes de San Salvador y San Vicente. El general Filísola entró con sus tropas a San Salvador en febrero de 1823, luego de varios meses de resistencia.

El Estado de El Salvador se dio su propia Constitución el 22 de junio de 1824, siendo jefe de Estado, el independentista Juan Manuel Rodríguez.

ACTA DE INDEPENDENCIA DE 21 DE SEPTIEMBRE DE 1821

"En el nombre de Dios Todopoderoso, Trino y Uno, con cuya divina invocación todo tiene buen principio, buenos medios y dichoso fin. En la ciudad del Salvador del Mundo, á las nueve y media de la noche de hoy veintiuno de Setiembre del año de mil ochocientos veintiuno, primero de nuestra independencia y libertad; impuesto ya el Sr. Intendente Jefe Político accidental Dr. D. Pedro Barriere de la acta sancionada en Guatemala, en quince del corriente y circular á estas provincias, con acuerdo y á instancia de todas las autoridades que se reunieron para declarar como efectivamente declararon en aquel memorable día la independencia del Gobierno Español en los términos que se leen en dicha acta y en el manifiesto que con la propia fecha circuló el Señor Jefe Político Superior D. Gabino Gainza, en que se enuncian los fundamentos y razones impulsivas que del modo más imperioso exijían tan alta resolución; de acuerdo el citado Sr. Intendente y el Sr. Alcalde 1º D. Casimiro García Valdeavellano, dispusieron que en aquella hora concurrieran á esta Ayuntamiento todos sus individuos, y se convocaron también á los jefes militares, al Sr. Cura Rector y Vicario, á los Prelados Regulares, á los vecinos principales de todas clases, y que se escitara á todo el vecindario, como se hizo por repiques de campanas, músicas y fuegos artificiales. Verificada la reunión, con numerosísimo pueblo, se le hizo entender la causa del regocijo, que también manifestó el suyo en medio de unos transportes inesplicables, con vivas, aclamaciones é infinidad de demostraciones, que esplicaban, del modo mas enérjico, los deseos que jeneralmente tenían todos de este señalado y venturoso acaecimiento, que fija la felicidad futura.

En este estado se dispuso, como primer paso, conducirse todos á la Santa Iglesia Parroquial, á dar al Dios de los misericordias las debidas gracias, por tamaño beneficio. En el templo se dió principio leyéndose por el Codjutor Br. D. José Crisanto Salazar literalmente la acta espresada, como monumento sagrado de nuestra libertad; y concluido este acto, todo el concurso, postrado en tierra, dió adoración a Dios Sacramentado, se cantó con la mayor solemnidad el Te Deum, y volviéndose el Ayuntamiento á las casas consistoriales, entre víctores y aclamaciones del numeroso pueblo que le seguía, á puerta abierta se repitió la lectura de la acta citada. En seguida, puesto en pié el Sr. Jefe Político, que preside el acto, exijió del Sr. Alcalde 1º (así lo pidió el pueblo) que le recibiera el juramento debido, para poder funcionar, y en efecto lo hizo solemne por Dios Ntro. Sr. la Santa Cruz y los Santos Evanjelios, de guardar y hacer guardar la independencia, ser fiel á la Monarquía Americana y observar el Gobierno que se establezca y las leyes que se sancionen. Concluido este acto, en la f horma de estilo se acordó que para mañana á las diez prestasen juramento los individuos de este Ayuntamiento, corporaciones, empleados y oficinistas, y que en seguida se publiquen por bando, con toda la pompa y solemnidad posibles, la referida acta y manifiesto circulados por el Sr. Jefe Político Superior, allanándose previamente, con el Sr. Coronel y Comandante de armas, el correspondiente auxilio: que se anuncie al público en dicho bando que para el día veintinueve del corriente se verificará, con toda solemnidad que permita el corto tiempo intermedio, la publicación y proclamación correspondiente; y el día treinta se celebrará también solemnemente, la misa de gracias, y se recibirá el juramento del pueblo: de todo lo cual quedó entendido para tomar sus disposiciones, el Sr. Cura y vicario Br. D. José Ignacio Zaldaña, que á todo ha estado presente. Se permitió al pueblo, en desahogo del entusiasmado júbilo que no ha podido reprimir al ver conseguidos sus deseos, que continúe en sus regocijos con la honradez y moderación correspondiente á tan preciosa y deseada ocurrencia, y se dieron todas las providencias de precaución para conservar el buen órden. También quedó acordado que sirviendo este cuaderno por principio, se forme nuevo libro para estender las actas del Ayuntamiento Nacional en papel comun, mientras se sanciona si, fuera de las materias judiciales, se ha de usar del papel sellado, por contener el actual signo de dependencia de la dominación española. Con lo que se concluyó esta acta, que firmaron con su presidente los individuos de este Ayuntamiento.-Pedro Barriere-Casimiro García Valdeavellano-José Ignacio Zaldaña-José Rosi-Milian Bustos-Gerónimo de Ajuria-Francisco del Duque-Santiago Rosi-Trinidad Estupinian-Juan Bautista de Otondo-Francisco Ignacio de Urrutia-Narciso Ortega-Por mandato del muy Noble Ayuntamiento: Pedro Miguel López, Srio."