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Nació don Nicolás en Tona-catepeque, el 16 de diciembre de 1742; que al igual que don Vicente y Don Manuel, hijos de don Manuel Aguilar, participaron en las gestas independentistas.

Los tres hermanos se sintieron atraídos por la carrera eclesiástica y así fue como pronto fueron coronados sus estudios, que hicieron brillantemente, mereciendo siempre los elogios de sus profesores.

Don Nicolás obtuvo el curato de San Salvador, puesto que logró por concurso.

En el movimiento de 1811, se encontraron los hermanos Aguilar, trabajando en el mismo empeño y patriotismo que siempre les había distinguido y para 1814, se encontraban don Manuel, encarcelado, don Vicente reconcentrado en Guatemala y don Nicolás, si bien libre por consideración de sus años, muy vigilado, pues aunque viejo, era un formidable enemigo, siempre dispuesto a defender las ideas de libertad.